По внутреннему строению зерна хлебных злаков состоят из трех основных частей: оболочки, эндосперма и знакомого уже нам по наружному осмотру зерна зародыша. В оболочке зерна различают наружную часть, являющуюся плодовой оболочкой. Она состоит из двух слоев и образуется из стенок завязи. Под ней располагаются два слоя семенной оболочки, развившиеся из двух оболочек семяпочки.

У пленчатых зерен, кроме этих слоев оболочек, свойственных самой зерновке, отмечают иногда так называемую мякинную оболочку, представляющую собой покрывающие зерновку цветковые чешуи. Зародыш, располагающийся, как уже указывалось, несколько косо в нижней части зерна, дифференцирован на различные части — зачатки будущего растения.

Здесь имеется прежде всего щиток, представляющий единственную семядолю зерна хлебных злаков. Щиток непосредственно прилегает к эндосперму и обращен к нему своей всасывающей поверхностью. В нижней части зародыша находятся первичные (зародышевые) корешки в виде небольших бугорков. Выше располагается первичный стебель, заканчивающийся почкой, покрытой колпачком зачаточных листьев.